Село Новокубанское было основано в 1867 году, храм святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова находился в центре села и был главным храмом. Он был построен в 1901г. старожилы помнят этот храм большим и красивым. Он был кирпичной пятиглавой церковью (собором, как говорили селяне).
В годы лихолетья храм был полностью разрушен. На этом месте теперь установлен поклонный крест, который был освящен Владыкой Филаретом, Епископом Майкопским и Армавирским в 2000 году.
История нашего ныне действующего храма начинается с 1944 года, когда православно-верующее Свято-Иоанна-Богословское религиозное общество, зарегистрированное в установленном порядке 5 декабря 1944 года за №СК-450 р. под №54, приняло в бесплатное пользование от исполнительного комитета районного Совета народных депутатов Молитвенное здание, расположенное по ул. Дзержинского, 59. Это здание находилось на окраине села, в нем раньше располагался Народный суд, а еще ранее это было частное домовладение, которое принадлежало репрессированным гражданам.
Энергичными стараниями прихожан это здание было переоборудовано в Молитвенный дом. За труды по приобретению и переоборудованию Молитвенного дома, 9 октября 1945 года, Владыка Флавиан, Епископ Краснодарский и Кубанский наградил общину верующих Молитвенного дома во имя святого апостола и Евангелиста Иоанна Богослова села Ново-Кубанского грамотой за № 3783.
В 1975 году была возведена пристройка-алтарь к зданию церкви, вместо ранее бывшего помещения, снесенного из-за аварийного состояния.
16 ноября 1975 года произошло освящение престола, при настоятеле священнике Петре Клитовченко.
Ранее этого года была сделана пристройка пекарни к зданию сторожки, как производственно необходимое здание.
В 1982 году началось строительство служебной постройки: крестилки.
В 1988 году при настоятеле священнике Александре Мудрик началась реконструкция храма: был заложен фундамент под кирпичную облицовку и пристройка притвора.
Следующий настоятель священник Петр Мудрик продолжил генеральную реконструкцию храма: был пристроен притвор, разобрана кровля, установлены купола, произведена облицовка стен кирпичом. Была произведена и внутренняя реконструкция: потолок переделан в полусферу; изготовлен новый иконостас; выполнена художественная роспись храма; обновлены кивоты, клиросы и внутренне убранство церкви.
В 1997 году было совершено освящение священническим чином художественной росписи храма и новых икон.
В 1998 году был образован правый хор в Свято-Иоанно-Богословском храме города Новокубанска. Хор изначально создавался как профессиональный, для воскресных и праздничных богослужений. Первым регентом стала Ирина Степановна Филатова, а в 2001 году хор возглавил ее сын, Евгений Викторович Филатов.
«Задача церковного хора не просто спеть, — считает Евгений Викторович. – Хор должен помочь прихожанам молиться. А это возможно лишь тогда, когда в каждое произведение вкладывается частица души. Поэтому важно, чтобы сами певчие были верующими. Церковное песнопение — это не слова, положенные на музыку, это неразрывное слияние молитвенных слов и мелодии, которая помогает еще глубже понять смысл».
В 1998 году было построено двухэтажное здание воскресной школы.
К 2000 году трудами настоятеля храма протоиерея Петра Мудрик в центральном парке города был воздвигнут Поклонный крест, освященный 7 января 2000 Преосвященнейшим Филаретом епископом Майкопским и Армавирским.
13 мая 2001 года Высокопреосвященнейшим Исидором Митрополитом Екатеринодарским и Кубанским были совершены закладка и освящение первого камня в основание храма-часовни в честь Великомученника и Победоносца Георгия на городском кладбище.
В 2002 году был заложен фундамент под колокольню
В этом же году произошло небывалое наводнение в Новокубанском районе. Территория, прилегающая к храму, была полностью затоплена водой, высота воды, в некоторых местах, была до 1.5м. В результате наводнения было разрушено служебное здание, в котором находились: просфорня, сторожка, трапезная и канцелярия. Пострадали здания крестилки, воскресной школы и само помещение храма.
Здание воскресной школы теперь занято под служебные нужды: просфорню, трапезную и канцелярию. Ученики воскресной школы занимаются в крестильном помещении.
В 2003 году руководство хором, поющим вседневные службы взяла на себя матушка Светлана Мудрик, которая много сил и трудов приложила для того, чтобы звучание хора было гармоничным, умилительным и чистым.
К 2004 году было завершено строительство колокольни, произведена внутренняя отделка. При финансовой помощи районной администрации приобретены позолоченный купол и колокола. Купол установлен, колокола звучат, призывая своим звоном, верующих на каждое богослужение. На первом этаже колокольни разместилась иконная лавка.
2005-2007 – освящение храма-часовни
4 ноября 2007 года иерейским чином были соверщены закладка и освящение первого камня на месте, где по благословению Высокопреосвященнейшего Исидора Митрополита Екатеринодарского и Кубанского предполагалось строительство храма в честь Казанской иконы Божией Матери.
В 2010 году было обустроено новое помещение воскресной школы, где учащимся было предоставлено больше места для занятий. К 2012 году трудами настоятеля Иоанно-Богословского храма г.Новокубанска протоиерея Петра Мудрик на храме были заменены купола, перекрыта крыша, построен каменный забор и устроена стоянка автотранспорта. В 2012 году произведен текущий ремонт храма: покраска полов, капитальный ремонт алтаря, уложено покрытие из ламината, установлены новый Престол и Жертвенник. 7 апреля 2016 года Преосвященнейшим Игнатием Епископом Армавирским и Лабинским совершены освящение и закладка первого камня в основание храма в честь Благовещения Пресвятой Богородицы.